为了配合国家将上海建成国际航运中心的战略，改善上海的投资软环境，方便当事人仲裁，中国海事仲裁委员会于2003年1月在上海设立了分会。上海分会是中国海事仲裁委员会的组成部分之一。上海分会下设秘书处，在秘书长的领导下负责处理日常事务。上海分会行使与中国海事仲裁委员会相同的职能，可以独立受理和审理案件。为促进渔业生产持续稳定发展，及时有效解决渔事争议，2003年1月成立了中国海事仲裁委员会渔业争议解决中心，设在上海分会内。

　　为充分发挥中国海事仲裁优良品牌的作用，促进上海国际航运中心的海事法律服务工作，2009年1月8日，经中国贸促会批准，海仲上海分会将同时启用“中国海事仲裁委员会上海海事仲裁院”的名称。2009年6月16日举行了上海海事仲裁院揭牌仪式。